현행 방과후학교는 초중고 학교 급별로 운영 양상이 판이하다. 초등학교는 특기적성 중심의 다양한 교육 활동이 이루어지고 있으나 위탁 운영하는 경우도 많이 있다. 중학교는 특기적성과 교과 교육이 상대적 균형을 이루고 있는 편이지만 고등학교는 완전히 교과 중심으로 운영되고 있다. 여기에서 나타나는 몇가지 문제 중 대표적인 것은 현행 방과후학교가 사교육비 절감이라는 교육부의 정책 목표에 부합하는가의 문제이다. 학생들은 방과후학교 이외에도 별도의 사교육에서 자유롭지 못하며 다양한 형태로 사교육을 받고 있다. 교육부와 통계청은 2015년 사교육비 총 규모는 약 17조8천억원으로 2014년 18조2천억원 대비 4천억원(2.2%↓) 감소하여 2009년 이후 감소세가 지속되었다고 발표하였다. 하지만 이것은 1인당 사교육비 감소가 아니라 학생 수 감소에 따른 자연 감소분을 발표한 것으로 실질적으로 방과후학교가 사교육비 감소 역할을 하지 못하고 있다는 문제를 드러내고 있는 것이다. 심지어 얼마전 강남구 한 학교는 75만원의 논술 프로그램을 방과후학교로 운영하다 적발되는 사례까지 있었으며 위탁 운영의 경우 고액의 수수료로 강사 수당 착취 구조가 형성되어 있기도 하다.
현행 서울시교육청은 강사료에 대한 명확한 기준도 제시하지 않아서 방과후학교 수강료도 시간당 3~4만원을 기준으로 시간당 10만원 이상의 고액 강의 수당을 받는 교사도 적지 않은 것으로 파악하고 있다. 2016년 최저 임금 6030원(1시간 기준. 방과후학교는 40~50분 기준)에 비해 터무니 없는 고액으로 학원에 비해 상대적으로 싸다는 비교 우위로 방과후학교를 운영하는 것은 공교육의 도덕적 해이라고 할 수 있다. 심지어 스포츠 클럽 활성화 정책은 대부분의 스포츠 관련 프로그램도 방과후와 연계하여 특정 학생들에게 수강료를 징수하고 체육관, 운동장 등을 독점 사용하는 등 본질에 어긋난 방과후학교 실태에 대한 문제점을 지적하고 개선 방안에 대한 토론을 진행하고자 한다.
특히 본 토론은 방과후학교 개선을 마을학교와 연계하여 공교육도 살리고 마을의 교육적 기능도 강화하는 대안을 찾고자 한다.